當(dāng)加州大學(xué)圣塔芭芭拉分校的材料科學(xué)家奧馬爾·薩利赫(Omar Saleh)和研究生伊恩·摩根(Ian Morgan)試圖了解實驗室中無序蛋白的力學(xué)行為時,他們希望拉伸后,一種特定的模型蛋白會像橡皮筋一樣瞬間回彈。
取而代之的是,這種無序的蛋白質(zhì)緩慢地放松了,花了數(shù)十分鐘才能放松成它的原始形狀,這種行為違背了預(yù)期,暗示了一種內(nèi)部結(jié)構(gòu),人們一直認(rèn)為這種結(jié)構(gòu)已經(jīng)存在,但是很難證明。
“ 放松的速度很重要,因為它使我們對蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)組織有了一定的了解,”主要作者摩根說,他在《物理評論快報》上發(fā)表了一篇論文。“這很重要,因為蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)組織通常與其生物學(xué)功能有關(guān)。”
具有固定“折疊”的蛋白質(zhì)(定義明確的三維結(jié)構(gòu))與其功能相關(guān),而具有不穩(wěn)定結(jié)構(gòu)的無序蛋白質(zhì)則從其動力學(xué)中獲取其功能。
摩根說:“超過40%的人類蛋白質(zhì)至少部分展開,它們通常與關(guān)鍵的生物學(xué)過程以及使人衰弱的疾病有關(guān)。”
緩慢的松弛實際上是折疊蛋白質(zhì)通常保留的行為。
“在1980年代,人們發(fā)現(xiàn)折疊的蛋白質(zhì)表現(xiàn)出緩慢的松弛,”摩根說,這是玻璃所特有的行為。玻璃是一類既不是真正的液態(tài)也不是結(jié)晶固態(tài)的材料,但是可以表現(xiàn)出兩種狀態(tài)的特征。
“我們已經(jīng)對折疊蛋白進行了很長時間的研究,并為折疊蛋白開發(fā)了很多很好的工具,因此很快就發(fā)現(xiàn)緩慢的松弛可以用一種機制來解釋,即“沮喪的”分子試圖使自身適合于蛋白質(zhì)。很小的空間,”摩根說-一種稱為“干擾”的機制。“這一解釋幫助我們更好地理解了折疊蛋白的結(jié)構(gòu),并解釋了許多其他系統(tǒng)中的玻璃態(tài)行為。”
但是,研究人員試圖通過一種稱為磁力鑷子的裝置拉伸的蛋白質(zhì)是一種無序的蛋白質(zhì)。薩利赫說,按照定義,它并不是試圖將許多分子堆積在一個狹小的空間內(nèi),因此它不應(yīng)該遇到干擾問題。
摩根說:“因此,當(dāng)我們觀察到緩慢的松弛時,要么意味著我們對蛋白質(zhì)的定義是錯誤的,要么必須存在另一種機制。”
此外,研究人員發(fā)現(xiàn),通過使拉伸的蛋白質(zhì)放松,然后在其沒有完全松弛的機會之前以較小的力將其再次拉伸,研究人員發(fā)現(xiàn)該蛋白質(zhì)“記住”了其先前的拉伸-如預(yù)期的那樣,以更大的力開始伸長,但最終緩慢用更少的力再次放松,如預(yù)期的那樣,然后隨時間慢慢放松。摩根解釋說,從概念上講,蛋白質(zhì)伸展的時間越長,放松所花費的時間就越長,因此它“記住”了被拉動的時間。
為了解釋這些出乎意料的玻璃狀行為,研究人員從一些相當(dāng)平凡的物體中汲取了靈感:弄皺的紙和記憶泡沫。兩種結(jié)構(gòu)無序的系統(tǒng),在受到力后都表現(xiàn)出相似的緩慢,對數(shù)松弛,特別是在泡沫的情況下,具有“記憶”效應(yīng)。
對于研究人員而言,這些行為表明,像記憶泡沫和弄皺的紙一樣,蛋白質(zhì)的內(nèi)部結(jié)構(gòu)也不是單個固定單元之一,而是對強度和弱點具有一定強度范圍的幾種獨立子結(jié)構(gòu)之一沿不同的時間長度施加在材料上的力的范圍。例如,堅固的結(jié)構(gòu)在被拉開之前可能會承受一定的應(yīng)變,并且是第一個松弛的結(jié)構(gòu),而堅固的結(jié)構(gòu)將以較小的力拉伸并需要更長的松弛時間。
基于這種多重亞結(jié)構(gòu)的概念并得到實驗數(shù)據(jù)的證實,研究人員確定該蛋白質(zhì)的對數(shù)弛豫速率與拉伸力成反比。
Saleh解釋說:“ 施加于無序蛋白質(zhì)的拉伸力越強,在相同的時間內(nèi)蛋白質(zhì)松弛的程度就越大。”
摩根說:“具有類似結(jié)構(gòu)安排的機械無序系統(tǒng)往往非常耐用。” “它們還具有不同的機械性能,具體取決于您對它們施加的拉力和壓縮程度。這使它們非常靈活,具體取決于力的大小和頻率。” 摩根說,了解這種適應(yīng)能力背后的結(jié)構(gòu)可以為將來的動態(tài)材料打開大門,就像大腦一樣,可以幫助他們過濾掉不重要的信息,并使它們更有效地存儲重復(fù)的刺激。